Composto da grandi sale quattrocentesche e da ambienti significativi della vita dell’antico convento.
Espone pregevoli corali miniati del XV° secolo, suppellettili liturgiche, parati e dipinti. Particolare rilievo hanno un bellissimo crocifisso ligneo policromo attribuito a Giovanni Angelo Montorsoli e un busto in ceramica attribuito ad Andrea della Robbia.
Il percorso si conclude, dopo una sala dedicata all’antica farmacia e al laboratorio di spezieria del Santuario, con l’ambiente più caratteristico del museo, il fuoco comune.
Il Museo riapre nel 2002. Quello che oggi possiamo vedere è infatti il secondo museo di questo Santuario francescano dopo che il primo aveva chiuso nel 1978 a causa di un grosso furto che aveva subito.
Questa esposizione è divisa in sette sale che raccolgono opere d’arte e oggetti sacri, ma le funzione primaria del museo è quella di mostrare uno spaccato di vita francescana in questo luogo, così a se stante sulla cima del “crudo sasso” e al tempo stesso fortemente inglobato nella vita comunitaria di una vasta zona.
Particolarmente interessante è la zona del Santuario dove il museo è ubicato, un punto dove normalmente il turista non passa nel suo percorso di visita alla Verna, lungo un quattrocentesco corridoio interno alla struttura e accanto al bellissimo chiostro del convento. Questo contesto è già di per se un altro museo.